Kancelarijom rukovodi direktor Kancelarije, koga postavlja Vlada na pet godina, na predlog predsednika Vlade. Odlukom Vlade Srbije Kancelarijom za upravljanje javnim ulaganjima rukovodi Marko Blagojević.
Zamenika direktora Kancelarije, postavlja Vlada na pet godina, na predlog direktora Kancelarije. V.d zamenika direktora Kancelarije za upravljanje javnim ulaganjima je Sandra Nedeljković.
